Il pagamento eseguito con pagoPA ha in genere efficacia liberatoria per l'utente, sia del pagamento effettuato che della posizione debitoria sottostante. Quando viene effettuato un pagamento con pagoPA, il sistema verifica l'effettiva esistenza del debito, ne aggiorna l'importo (nel caso di mora, ad esempio, anche se il pagamento viene effettuato presso uno sportello fisico) e infine ne comunica il pagamento alla Pubblica Amministrazione. Solo nel caso di pagamenti il cui importo è indicato dall'utente (ad esempio le tasse in autoliquidazione, o una multa che può variare a seconda del giorno di notifica), il pagamento con pagoPA non ha efficacia liberatoria automatica verso la posizione debitoria sottostante.

Il sistema pagoPA rappresenta la piattaforma nazionale dei pagamenti elettronici in favore delle Pubbliche Amministrazioni e di altri soggetti che erogano servizi pubblici tenuti per legge all'adesione. Al sistema di pagamento pagoPA gli Enti Creditori possono affiancare esclusivamente i seguenti metodi di pagamento: 1 - Pagamento per cassa, presso l'ente e/o il soggetto che per tale ente svolge il servizio di tesoriere e cassa; 2 - Pagamenti tramite modello F24. Per il conseguimento degli obiettivi di razionalizzazione e contenimento della spesa pubblica gli Enti Creditori hanno l'obbligo di dismettere ogni altra modalit di pagamento elettronico. Il paragrafo 14 delle Linee Guida pubblicate nella Gazzetta Ufficiale del 7 febbraio 2014 prevede che le convenzioni o gli accordi legati ad attivit di incasso, in essere alla data di pubblicazione, possano rimanere valide solo fino alla loro naturale scadenza contrattuale, senza alcuna possibilità di rinnovo o di nuova ulteriore forma di contrattualizzazione. Contravvenire a tale disposizione espone l'Ente al rischio di incorrere nell'imputazione di danno erariale essendo pagoPA disponibile gratuitamente.

CBILL è l'acronimo commerciale di ABI (Associazione Bancaria Italiana) che identifica la piattaforma di pagamento delle banche disponibile anche per la Pubblica Amministrazione. La piattaforma di pagamento CBILL si può utilizzare attraverso l'Home Banking o gli ATM ed è integrata a pagoPA, nel senso che tutti i pagamenti effettuati attraverso CBILL utilizzando un codice identificativo del sistema pagoPA (IUV) sono gestiti da pagoPA.

Il principale vantaggio di utilizzare il sistema pagoPA è quello di affidarsi ad un sistema unico di pagamento, semplice, rapido e trasparente (certezza dei costi di commissione, chiarezza degli importi, ecc.), per effettuare qualsiasi tipo di pagamento verso la Pubblica Amministrazione. In particolare: - multicanalità integrata a livello nazionale con trasparenza dei costi delle commissioni - uniformità dell'avviso di pagamento e possibilità di avvisare il cittadino digitalmente sui canali che preferisce (notifiche sull'app o sul sito del PSP scelto, SMS o mail) - certezza del debito dovuto, con possibilit di ottenere l'attualizzazione dell'importo (ovvero l'importo da pagare è sempre quello valido e richiesto dalla PA. Se l'importo varia nel tempo per interessi di mora o altro, su pagoPA viene sempre aggiornato) - semplicità e velocità del processo: basta inserire il codice di avviso (IUV Identificativo Unico Versamento) per pagare e ricevere la quietanza liberatoria ovvero la certezza che la PA ha incassato il tributo e non potranno esserci verifiche o accertamenti successivi.