Il pagamento eseguito con pagoPA ha in genere efficacia liberatoria per l'utente, sia del pagamento effettuato che della posizione debitoria sottostante. Quando viene effettuato un pagamento con pagoPA, il sistema verifica l'effettiva esistenza del debito, ne aggiorna l'importo (nel caso di mora, ad esempio, anche se il pagamento viene effettuato presso uno sportello fisico) e infine ne comunica il pagamento alla Pubblica Amministrazione. Solo nel caso di pagamenti il cui importo è indicato dall'utente (ad esempio le tasse in autoliquidazione, o una multa che può variare a seconda del giorno di notifica), il pagamento con pagoPA non ha efficacia liberatoria automatica verso la posizione debitoria sottostante.