Costruito al centro di un'acropoli naturale e predisposto come corpo di guardia, col passare del tempo fu adibito a Carcere mandamentale. 

Il fortino è stato completamente restaurato per ospitare il museo che attualmente comprende sei sale e un giardino. La Sala della Tonnara contiene reperti e attrezzi legati alla pesca del tonno, un modello di tonnara, costruito da un vecchio rais, che raffigura chiaramente il calato, ossia l'insieme delle ancore e delle reti che formano una gigantesca struttura rettangolare che va dal fondo del mare alla superficie. È esposto anche un modello in scala dello stabilimento ottocentesco di Portopaglia, che riproduce fedelmente le varie fasi della lavorazione e della conservazione del tonno. Nela Sala dei Galanzieri sono esposti una serie di documenti storici sui battellieri, o galanzieri, e i principali attrezzi utilizzati durante la navigazione e per la raccolta ed il trasporto del minerale con le barche a vela. La Sala dei Documenti contiene, invece, i documenti storici dei primi anni della colonizzazione dell'isola di San Pietro. Molto interessante il contenuto della Sala malacologica che comprende un'interessante e ampia raccolta di conchiglie mediterranee, in particolare del Tirreno sud-occidentale. Il percorso si conclude con la Sala delle attività contadine con reperti e attrezzi tipici della vita contadina e la Sala Emanuelli che espone la collezione di quadri dell'artista Mario Emanuelli.